Le programme finance les projets phase par phase : au démarrage de chaque phase, les moyens demandés sont alloués au projet. Ces moyens sont discutés par le porteur ou la porteuse et la Direction PIQ lors de la production de la feuille de route durant le processus de candidature.

Les moyens de fonctionnement, d’équipement ou de décharge d’enseignement demandés en début de phase ne doivent pas dépasser la durée de la phase. En revanche, les moyens demandés pour des recrutements peuvent couvrir une durée d’emploi supérieure à celle de la phase. Il est par exemple possible de demander le financement d’un postdoctorant ou une postdoctorante pour deux ans au démarrage d’une phase d’un an.